运行

运行示例

示例1：基本用法

为分析设置必要的配置文件，包括样本数据的路径、参考基因组路径等。使用以下命令运行 SeekArcTools：

seekarctools_py arc run \
    --rnafq1 /path/to/demo/demo_GE_S1_L001_R1_001.fastq.gz \
    --rnafq2 /path/to/demo/demo_GE_S1_L001_R2_001.fastq.gz \
    --atacfq1 /path/to/demo/demo_arc_S2_L002_R1_001.fastq.gz \
    --atacfq2 /path/to/demo/demo_arc_S2_L002_R2_001.fastq.gz \
    --samplename demo \
    --outdir /path/to/outdir \
    --refpath /path/to/reference/GRCh38 \
    --include-introns \
    --core 16

示例2：设置阈值重新进行 call peaks 或 call cell

若觉得默认参数下判定出的 peaks 或 cells 不符合需求，可调整参数跳过比对等之前的步骤，重新运行以节省时间

seekarctools_py arc retry \
    --samplename demo \
    --outdir /path/to/outdir \
    --refpath /path/to/reference/GRCh38 \
    --core 16 \
    --qvalue 0.01 \
    --snapshift 0 \
    --extsize 200 \
    --min_len 200 \
    --min_atac_count 1000 \
    --min_gex_count 500

• 注：需注意保持之前运行的文件没有删除或移动。--outdir为seekarctools第一次分析后的目录路径。--min_atac_count需和--min_gex_count一起使用，否则不生效。

参数说明

参数	参数说明
–rnafq1	表达文库 R1 fastq数据路径。
–rnafq2	表达文库 R2 fastq数据路径。
–atacfq1	ATAC文库 R1 fastq数据路径。
–atacfq2	ATAC文库 R2 fastq数据路径。
–samplename	样本名称。
–outdir	结果输出目录。默认值：./。
–skip_misB	barcode不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_misL	linker不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
–skip_multi	舍弃能纠错为多个白名单barocde的reads，默认纠错为比例最高的barcode。
–skip_len	在适配器筛选后跳过筛选短读取，将使用短读取。
–core	分析使用的线程数。
–include-introns	不启用时，只会选择exon reads⽤于定量；启用时，intron reads也会⽤于定量。
–refpath	参考基因组路径。
–star_path	外部 STAR 软件路径。如果参考基因组中的索引由其他STAR构建，请指定该路径。
–qvalue	峰值检测的最小FDR（q值）截止值。默认值：0.05。
–nolambda	若启用则 MACS3 将使用背景lambda作为本地lambda。这意味着macs3不会考虑峰值候选区域的局部偏差。
–snapshift	MACS3峰值检测的移动幅度。默认值：0。
–extsize	MACS3峰值检测的拓展幅度。默认值：400。
–min_len	峰的最小长度。如果无，则设置为“extsize”。默认值：400。
–broad	若启用则进行广泛的峰值调用，以UCSC gappedPeak格式生成结果，该格式封装了峰值的嵌套结构。
–broad_cutoff	广泛的峰值调用的阈值。默认值：0.1。
–min_atac_count	定义细胞条形码峰中ATAC转置事件的最小数量（ATAC计数）。
–min_gex_count	定义细胞条形码中UMI的最小数量（GEX计数）。
-h，–help	显示参数说明